Чтобы замечательная среда разработки для PHP, Java и т.д NetBeans поддерживала кодировку utf-8 надо в конфиге программы netbeans.conf (C:\Program Files\NetBeans 7.0\etc\netbeans.conf — в MS Windows) в параметре netbeans_default_options дописать, отделив пробелом:

-J-Dfile.encoding=UTF-8

Актуально для NetBeans 7.0